Храм, выстроенный Шигоней Поджогиным, просуществовал без изменений недолго. Вскоре над могилой Шигони и его жены, около южной стены собора, возвели небольшой придел, который по ширине и длине равнялся примерно одному (юго-восточному) пряслу стены храма, не считая алтарного выступа. Освятили новую пристройку во имя апостола Иоанна Богослова, а заказчицей строительства выступила, по-видимому, дочь Поджогина – Анна Ивановна, состоявшая в браке с боярином Петром Петровичем Головиным, чьи земельные владения граничили с монастырскими. Старинное название своей усадьбы «Левашово» - потомки Головиных изменили, переименовав её в начале XIX века в «Архангельское». Под этим названием сильно разрушенное родовое гнездо Головиных сохранилось по сей день.
При поздней перестройке предела в середине XVIII века, в толще древней стены, вырубили нишу с арочным завершением, в которой установили массивное белокаменное надгробие с поминальной надписью о том, что на этом месте похоронены Шигоня и его жена, принявшие монашеский сан. Она сохранялась до конца XIX века, но в XX веке стёрлась, а само надгробие, хотя и уцелело, но было сильно изуродовано местными кладоискателями.
Как показали исследования этой части храма все пространство древнего предела с аспидой было занято захоронениями. Среди сохранившихся надгробий, многие из которых были сдвинуты со своего места, расколоты и использовались для выравнивания пола, нашлось надгробие одного из Кашинцевых, ближайшего родственника жены Поджогина, похороненного в 17-м столетии. В алтаре, вплотную одно к другому лежали огромные безымянные белокаменные надгробия, устилавшие все пространство под полом. Это свидетельствует о том, что придел Иоанна Богослова долгое время служил некрополем для родственников Головиных, которых позже стали хоронить вне стен.
В 1764 году в соответствии с указом Екатерины II, одобренным Синодом, началась секуляризация монастырских и церковных земель. Иванишский монастырь, в числе многих других, упразднили, лишили его всех владений, а следовательно, и доходов. Собор превратился в обычную приходскую церковь.
Судя по сохранившимся документам, вся вторая половина XVIII столетия для небольшого прихода в Иванищах прошла в заботах о налаживании приходского хозяйства. Большую помощь в налаживании церковной жизни Иванишскому храму продолжали оказывать его традиционные покровители – помещики Головины и Панафидины.
В 1874 г. В Успенской церкви случился пожар – от удара молнии загорелся шпиль от колокольни. Пожар перекинулся на храм. Работы по устранению причинённого пожаром ущерба продолжались три года. При восстановлении шпиля колокольни использовались сохранившиеся в архиве церкви проекты Матвея Чернятина. С такой же точностью были повторены и прежние формы других кровельных конструкций на самой церкви. Изменилась, видимо лишь окраска глав, которые были выкрашены в голубой цвет. При этом центральную главу дополнительно украсили золотыми звёздами, подобно тому, как это было сделано в Успенском соборе Троице-Сергиевой лавры.
Последний большой ремонт храма произведён в 1928 году, о чем свидетельствуют две надписи, сделанные масляной краской на откосах аркосолия над гробницей Ивана Юрьевича Поджогина. Кто мог в те годы пожертвовать такие средства на обновление сельского храма до сих пор осталось загадкой, тем более, что данный ремонт был осуществлён в годы, когда начинался период продолжительного и жесточайшего гонения на русскую православную церковь.